قصة أنمي Persona: Trinity Soul تدور في مدينة اسمها Ayanagi تقع قرب بحر اليابان، تجد فيها الشرطة عدة حالات غريبة منها مرض غامض اسمه Apathy Syndrome واختفاء بعض طاقم السفينة و موت الطلاب الواحد تلو الآخر ووسط هذه الأزمة يقرر shin و jun العودة إلى Ayanagi و رؤية أخيهم الأكبر Ryo.